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高新技術(shù)企業(yè)認定主管部門：科技,、財政,、稅務(wù)部門；其他相關(guān)部門：環(huán)保,、質(zhì)量/安監(jiān),、審計等部門。每個部門所審查的要點不同,，如：科技部門會對企業(yè)技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域,、專利權(quán)屬及專利時效確認、主要產(chǎn)品（服務(wù)）收入占高新收入比例是否超過50％,、申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比,、申報材料各項指標核對；財政部門每年定期對承擔高企審計的事務(wù)所進行底稿等風險檢查,，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查,、會計師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會自律檢查。

       其中科技部,、財政部,、稅務(wù)總局組成全國高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作領(lǐng)導小組（以下稱“領(lǐng)導小組”），其主要職責為：

       （一）確定全國高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作方向,，審議高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作報告,；

       （二）協(xié)調(diào),、解決認定及相關(guān)政策落實中的重大問題,；

       （三）裁決高新技術(shù)企業(yè)認定事項中的重大爭議，監(jiān)督,、檢查各地區(qū)認定工作,；

       （四）對高新技術(shù)企業(yè)認定工作出現(xiàn)重大問題的地區(qū)，提出整改意見,。

       領(lǐng)導小組下設(shè)辦公室,。辦公室設(shè)在科技部，其主要職責為：

       （一）提交高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作報告,；

       （二）組織實施對高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作的檢查,；

       （三）負責高新技術(shù)企業(yè)認定工作的專家資格的備案管理；

       （四）建立并管理“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”,；

       （五）領(lǐng)導小組交辦的其他工作,。

       各省、自治區(qū),、直轄市,、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政,、稅務(wù)部門組成本地區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認定管理機構(gòu)（以下稱“認定機構(gòu)”），根據(jù)本辦法開展下列工作：

       （一）負責本行政區(qū)域內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)認定工作,；

       （二）接受企業(yè)提出的高新技術(shù)企業(yè)資格復審,；

       （三）負責對已認定企業(yè)進行監(jiān)督檢查，受理,、核實并處理有關(guān)舉報,；

       （四）選擇參與高新技術(shù)企業(yè)認定工作的專家并報領(lǐng)導小組辦公室備案。

       企業(yè)取得高新技術(shù)企業(yè)資格后,，應依照本辦法第四條的規(guī)定到主管稅務(wù)機關(guān)辦理減稅,、免稅手續(xù)。

       享受減稅,、免稅優(yōu)惠的高新技術(shù)企業(yè),，減稅、免稅條件發(fā)生變化的,，應當自發(fā)生變化之日起15日內(nèi)向主管稅務(wù)機關(guān)報告,；不再符合減稅、免稅條件的,，應當依法履行納稅義務(wù),；未依法納稅的，主管稅務(wù)機關(guān)應當予以追繳,。同時,，主管稅務(wù)機關(guān)在執(zhí)行稅收優(yōu)惠政策過程中，發(fā)現(xiàn)企業(yè)不具備高新技術(shù)企業(yè)資格的,，應提請認定機構(gòu)復核,。復核期間，可暫停企業(yè)享受減免稅優(yōu)惠,。

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